1、試劑儲存和準備區。貯存試劑和用于標本制備的消耗品等材料應當直接運送至試劑貯存和準備區，不能經過擴增檢測區，試劑盒中的陽性對照品及質控品不應當保存在該區，應當保存在標本制備區；
2、標本制備區。由于在樣本混合、核酸純化過程中可能會發生氣溶膠所致的污染，可通過在本區內設立正壓條件，避免從鄰近區進入本區的氣溶膠污染。為避免樣本間的交叉污染，加入待測核酸后，必須蓋好含反應混合液的反應管。對具有潛在危險性的材料，必須在生物安全柜內開蓋，并有明確的樣本處理和滅活程序；
3、擴增區。為避免氣溶膠所致的污染，應當盡量減少在本區內的走動。必須注意的是，所有經過檢測的反應管不得在此區域打開；
4、擴增產物分析區。本區是的擴增產物污染來源，因此必須注意避免通過本區的物品及工作服將擴增產物帶出。廢液及用過的吸頭必須收集至HCl中，不能在實驗室內傾倒，浸泡后再放到垃圾袋中按程序處理。由于本區有可能會用到某些可致基因突變和有毒物質如化乙錠、酰胺、甲醛或性核素等，故應當注意實驗人員的安全防護；
5、注意物品流向，依次為：試劑準備區、樣本制備區、擴增區、產物分析區，不可逆行；
6、試劑準備區、樣本制備區和擴增區內的實驗用品應，并設置不同的標識、顏色等予以區分。
PCR實驗室設計的問題是如何避免污染。在實際工作中，常見的有以下幾種污染類型:擴增產物的污染;天然基因組DNA的污染;試劑的污染以及標本間的污染。因此要避免污染，首先應是預防，而不是排除。
工作區域的嚴格劃分，各個實驗區域要有明顯的標記(如醒目的門牌或不同的地面顏色等)，以避免各個不同實驗區域設備物品、試劑等發生混淆。
合理的系統設置，合理的空調通風系統設置，盡量采用全送全排的空調系統;嚴格的氣流壓力控制，保證不同的實驗區內不同的壓力要求。
規范的操作，臨床基因擴增檢驗實驗室的技術人員必須進行上崗培訓，在實驗操作過程中，操作者必須戴手套，并經常更換。清潔工作及時、正確。實驗工作結束后，必須立即對本區進行清潔。
嚴格的管理:嚴格控制進出實驗室的人員。在各個實驗區域使用帶有明顯區別標志的工作服(如不同顏色)，當工作人員離開時不得將本區的工作服帶至其它區域;盡量減少在實驗區內不必要的走動以減少交叉污染的可能性。擴增產物分析區是的擴增產物污染來源，廢液不能在實驗室中傾倒，必須經消毒液浸泡消毒后在遠離實驗室的地方棄掉，用過的吸頭等一次性材料也應經消毒液浸泡消毒后統一處理，如焚燒等。總之，實驗室建設是一個復雜的問題，這里不討論人員的問題，實驗室人員的培養與沉淀，也需要一個過程，在建設的過程中要因地制宜，不要生搬硬套，結合自己的實際慢慢摸索出適合自己發展的建設思路。科學合理建設實驗室，更好的發揮實驗室的作用。
無塵車間相對來說是一個特殊的空間，對于各行各業生產加工或者，對于室內空間都有特別嚴格的要求；沒有得到相關的允許和準備，根本進不去。那要進入無塵車間的人員需要具備什么資格呢？
一、嚴禁未經核準人員進入無塵車間；
二、進入無塵車間人員需遵守潔凈室之安全規定；
三、尚未被認可的員工、外賓及承攬商須進入無塵車間者，應先報備申請批準，并應有合格人員陪同在場始得進入；
四、經訓練合格及主管審核后之人員得進入無塵車間；
五、凡違反上述規定給公司造成的經濟上損失者將根據損失情況，給予相應處罰。如因原因特殊需進入無塵車間的人員，需要進行以上資格申請。
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